Na década de 1840, na ilha da Madeira, o mestre botânico Augusto Freitas conta à sua filha adotiva, a pequena Maria, que os pais dela vivem no fundo do mar, onde brincam com os animais marinhos.
É um artifício bondoso, que envolve a menina na «alegre melancolia que é a fonte de calor da alma portuguesa». Esse sentimento acompanhá-la-á ao longo da vida e da relação atribulada com o seu grande amor, John Alves. Filho de uma conhecida vítima de perseguição religiosa, John pouco mais conhece do que miséria e isolamento. Tudo muda quando se cruza com Maria.
Rapidamente se forma entre as duas crianças um vínculo forte e, acreditam, eterno. Mas os violentos confrontos entre católicos e protestantes obrigam as suas famílias ao exílio, separando-os. Anos mais tarde, reencontram-se como imigrantes nos Estados Unidos, e a surpresa dará lugar a uma paixão desmedida. Porém, este não será ainda o final da história entre os dois. É, sim, apenas mais um início.
Uma história romântica passada durante o pouco conhecido conflito religioso entre católicos e protestantes na Madeira no século XIX, A Linha do Sal é um tributo ao poder do amor e da liberdade.