A grande recessão fez com que Clay Jannon perdesse o seu emprego confortável, mas previsível, como web designer; contudo, a sorte, a pura curiosidade e a sua capacidade de subir e descer um escadote como um macaco permitem-lhe encontrar emprego no turno da noite da misteriosa Livraria Noite e Dia - gerida pelo não menos misterioso A. Penumbra. Após algumas noites de trabalho, os mistérios sucedem-se: a livraria tem pouquíssimos clientes, mas eles vêm repetidamente e parecem nunca comprar nada, limitando-se a «pedir emprestados» uns volumes obscuros dos recantos ainda mais obscuros da livraria, segundo um acordo com o excêntrico livreiro. Apesar dos avisos do seu novo patrão, Clay não resiste a analisar o comportamento dos seus clientes e a tentar descobrir de que tratam aqueles estranhos volumes e exatamente o que se passa nesta bizarra livraria. No entanto, os segredos que descobre (com a ajuda de uma namorada que trabalha na Google e um bando de amigos geeks e techies) vão muito além das paredes da Livraria Noite e Dia… um mistério tão vasto que só pode caber dentro de um livro!