Nasceu em Rossas - Vieira do Minho, a 19 de dezembro de 1972. É o quinto de seis filhos. Licenciou-se em Engenharia Mecânica pela Universidade do Minho no ano de 1997. Em 2000 realizou Provas Cientifico-Pedagógicas sobordinadas ao tema "Análise Cinemática e Dinâmica de Mecanismos com Recurso a Meios Computacionais". Doutorou-se em Engenharia Mecânica em fevereiro de 2005, na especialidade de Máquinas e Mecanismos, com a tese "Dinamic Analysis of Mechanical Systems with Imperfect Kinematic Joints". Recebeu em 2005 o prémio de melhor tese de doutoramento da Escola de Engenharia da Universidade do Minho. Em fevereiro de 2009 concluiu um pósdoutoramento no pelo Swiss Federal Institute of Technology, ETH-Zurich, com o tema "Contact analysis in multibody systems based on the nonsmooth dynamics approach". Atualmente, é Professor Auxiliar na Universidade do Minho, no Departamento de Engenharia Mecânica, onde desenvolve as suas desenvolve atividades cientificas e pedagógicas. É autor e coautor de várias publicações cientificas, técnicas e pedagógicas. Paulo Flores é autor de dezenas de publicações (livros, artigos em revistas cientificas, textos pedagógicos, etc), faz parte de comissões cientificas e organizadas de conferências nacionais e internacionais, é revisor em diversas revistas e conferências internacionais.