Manuel Pinho nasceu em Lisboa em 1954, é casado com Alexandra Fonseca e tem três filhos, seis netos e dois enteados. Vive atualmente em Gondizalves – Braga.

Boa parte da sua vida adulta foi vivida no estrangeiro, em particular em França, Estados Unidos e Espanha, e visitou numerosas vezes a China.

Depois de ter estudado no ISEG, em 1983 fez um doutoramento em economia na Universidade de Paris-X.
Foi economista do Fundo Monetário Internacional nos departamentos Europa, Ásia e África, diretor-geral do Tesouro e presidente da Junta de Crédito Público.

Na banca, foi CFO (chief financial officer) do BES uma década antes da falência deste banco.

Não sendo filiado em nenhum partido, exerceu o cargo de ministro da Economia e da Inovação do XVII governo da República em 2005-09.

No início da sua carreira, foi professor no ISEG e na Universidade Católica.
Depois de sair do governo, foi professor de economia da energia em várias universidades nos Estados Unidos (Yale, Columbia e Georgetown), China (PKU, BFSU e Universidade de Renmin), Austrália (Universidade de Queensland) e Europa (Universidade de Alicante).

Foi senior fellow do Jackson Institute for International Affairs da Universidade de Yale e da Escola de Engenharia da Universidade de Pequim.
Na Austrália, foi-lhe atribuída a Rodney Wiley distinguished fellowship.

Colaborou no Handbook on China and Globalization (Edward Elgar).

Foi distinguido com Ordens honoríficas de Espanha, Brasil, França, Alemanha, Suécia e Noruega.