Flores para Algernon narra a história de um homem com dificuldades mentais que por via experimental procura adquirir o mesmo quociente de inteligência que Algernon, um sobredotado rato de laboratório.

Através de entradas de diário, Charlie documenta o modo como uma operação melhorou a sua inteligência e, por consequência, a sua vida. E, à medida que os procedimentos decorrem, a sua inteligência expande-se até ultrapassar a dos médicos que projectaram a sua metamorfose.

A experiência parece representar um enorme avanço científico, até que Algernon entra numa deterioração súbita e profunda. Poderá o mesmo acontecer a Charlie?