O papel que o Tratado sobre o Funcionamento da União Europeia reserva ao Tribunal de Contas Europeu reside no controlo financeiro, desdobrado entre a fiscalização das contas da União e a garantia da boa gestão financeira pública europeia. Aquela instituição não participa, portanto, no controlo jurisdicional da aplicação do Direito da União Europeia enquanto julgador.

Não dispondo, portanto, de competências jurisdicionais, designadamente de apuramento de responsabilidades financeiras pela má gestão de dinheiros públicos da União, o Tribunal de Contas Europeu corresponde, antes, a um tribunal de auditoria, integrando-se no chamado modelo misto de instituições superiores de controlo financeiro externo, funcionando colegialmente. Ainda assim, de iure constituendo poder-se-ão conjeturar alterações ao bloco normativo vigente, naturalmente dependentes da vontade política dos Estados membros, as quais permitiriam consagrar, no quadro institucional da União Europeia, um tribunal (porventura, o próprio Tribunal de Contas) com funções jurisdicionais específicas em matérias financeiras.

Por intermédio do Parlamento Europeu, os cidadãos da União são os principais destinatários dos resultados (declaração de fiabilidade, relatórios anuais, relatórios especiais e pareceres) da atividade do Tribunal de Contas Europeu, a qual, sendo desenvolvida com independência, centra-se na fiscalização do respeito da objetiva legalidade e regularidade contabilística e demais normas jurídico-financeiras aplicáveis, avaliando, também, a economia, eficácia e eficiência com que os valores públicos europeus são alocados.