Harumi est un adolescent bagarreur et sûr de lui. Quatre ans auparavant, une catastrophe a détruit la moitié de Tokyo dans laquelle ses parents et sa jeune soeur ont péri. Depuis, le jeune garçon vit seul soutenu par ses amis Kazunari et Sanae. Mais un jour, peu après une nouvelle bagarre, Harumi se trouve pris dans une fusillade, au cours de laquelle l'un des protagonistes lui demande de prendre un sabre qu'il a en sa possession. Quand Harumi parvient à se sortir de ce mauvais pas, il conserve l'arme avec lui. Le lendemain, il se réveille aux côtés d'une jeune fille, Mana, qui prétend s'être transformée en sabre dans les années 1640 et qui ne laisse pas indifférent deux mystérieuses organisations...