Suite à la disparition de Kaname, la société vampire a sombré dans le chaos. Tandis que les nobles sont à sa recherche, certaines créatures de la nuit se laissent aller à leurs pires instincts. Pour protéger les enfants humains, Yûki décide de collaborer avec la guilde et réussit à convaincre humains et vampires de la nécessité de rouvrir la Night Class de l'Académie Cross.