La théorie de la conscience comprend trois ouvrages : La théorie de la connaissance destinée aux physiciens ; Les systèmes conscients -le présent ouvrage- pour les spécialistes en sciences cognitives et Le sujet univers qui en est la présentation et l'interprétation philosophiques. Un système conscient est un système qui met en oeuvre les Relations de conscience qui expriment les conditions à satisfaire pour que la fonction connaissance devienne, connaissance d'elle-même, connaissance d'être et connaissance de ce qui n'est pas elle. La fonction connaissance est exprimée et développée mathématiquement, on en déduit le principe de fonctionnement de tout organe siège de la conscience ainsi que les architectures correspondantes. On montre ainsi qu'un processus physico-chimique est indispensable à l'apparition de la conscience. Un système conscient ne « fabrique » pas la conscience, il la fait apparaître. Apparaître à quoi ? A la conscience. La conscience est nécessairement réflexive. Cette propriété première est à la base des réflexions et développements des trois parties de la théorie.