Théodore Chipmunk est inquiet : les animaux commencent à commettre les mêmes erreurs que les humains...
Il décide de se rendre en bateau avec ses amis Chloé, Oscar et Brun, à l'Institut Mattakeunk pour faire des recherches plus approfondies sur la disparition des hommes. Seulement, en chemin, ils sont capturés par un terrible homme-loup : Upsilon. Heureusement, ils parviennent à s'échapper 1 Mais leur bateau a disparu : les ourses Olive et Rosa ont dû partir en catastrophe vers la Cité des Ruines envahie par les crabes mutants et les rats-visons de la Dragonne.
Théodore et ses amis réussiront-ils à repousser l'attaque et à sauver les habitants de la Cité ? Un dernier épisode plein de rebondissements où on apprend enfin pourquoi les hommes ont disparu.