Num mundo à beira do colapso, a Major Kusanagi Motoko encabeça a Secção 9 da Segurança Pública japonesa. Motoko é uma ciborgue altamente treinada, incumbida de desmantelar uma série de crimes cibernéticos realizados por um hacker conhecido como o Mestre dos Fantoches.
Nesta caça a um criminoso virtual, Shirow Masamune insere no enredo questões existencialistas intemporais e atuais, refletindo se alguém provido de Inteligência Artificial é, de facto, um ser vivo. É esta mistura de ficção científica, ação e temas filosóficos que fazem da manga The Ghost in the Shell uma leitura obrigatória.