Débarrassé de la tutelle de Sonatine, Jackie Estacado, tueur à gages et hôte du Darkness, prend conscience que ses nouveaux talents relèvent autant de la bénédiction que de la malédiction. Après s'être découvert une multitude d'ennemis autres que l'Angélus, Jackie fait le choix de se rapprocher de sa famille de sang : la mafia.