Le traité sur les pensées est probablement celui où Evagre montre le mieux son talent pour l'analyse psychologique, analyse fondée sur son expérience personnelle dans le milieu monastique égyptien où il vécut à la fin du IVe siècle.
Pour expliquer les faits ainsi observés et décrits avec une remarquable finesse, Evagre, utilise les ressources de sa profonde culture scolaire, principalement aristotélico-stoïcienne. Ces " pensées " inspirées par les démons selon la tradition du désert, utilisent les représentations d'origine sensible qui, conservées et rappelées par la mémoire, entretiennent dans l'esprit les obsessions du jour et les images des rêves nocturnes.
Cette analyse, très fine, est faite avec une intention thérapeutique. Le moine, déjà engagé dans la vie gnostique et instruit de la façon dont les pensées apparaissent, se succèdent, parfois se chassent les unes les autres, saura triompher d'elles et ainsi progresser dans l'impassibilité et, avec l'aide des " pensées " angéliques et le secours du Christ " médecin des âmes ". Il s'élèvera, dans la contemplation jusqu'à la vision de la lumière divine, dans la prière pure, de la tradiction manuscrite, le donne pour la première fois sous sa forme complète.
L'attribution à Evagre, jadis contestée, est désormais fermement établie.