Le sénateur Palpatine (Dark Sidious) et les séparatistes sont parvenus à leurs fins : exterminer l'ordre des Chevaliers Jedi grâce à l'armée des Clones et préparer l'avènement d'un Empire. Au coeur de la tourmente, les Jedi fugitifs se regroupent contre un nouvel ennemi : Dark Vador ! Parmi eux, Quinlan Vos et ses compagnons doivent survivre s'ils veulent sauver ce qu'il reste de la République...