En novembre 1847 a lieu une guerre civile éclair.
D'un côté, sept cantons catholiques conservateurs (regroupés au sein de la ligue du Sonderbund) refusent d'abandonner leur souveraineté et veulent laisser aux jésuites la place qu'ils occupent dans l'enseignement. De l'autre, douze cantons et deux demi-cantons progressistes, majoritaires dans la Diète fédérale. Radicaux, ils militent pour un pouvoir central plus fort, le triomphe des libertés et du suffrage universel et un marché unifié (abolition des droits de douane cantonaux, création d'une monnaie commune).
Entre eux, deux cantons neutres : Neuchâtel et Appenzell Rhodes intérieures. À la suite de cette guerre, une nouvelle constitution est votée qui est à l'origine de la Suisse d'aujourd'hui.