Saigon en 1940, c'est la France. Or, la France, depuis la débâcle, c'est aussi la collaboration...
Au coeur de la ville, un commissaire de police ne se résigne pas à pactiser avec les Japonais, comme l'a recommandé Pétain depuis la métropole. Gaulliste, il prend le masque de l'obéissance pour préserver sa femme, Clara. À ses supérieurs, il cache aussi qu'il a résolu de protéger Phung, une jeune nationaliste trotskiste, et le père de celle-ci.
Le 9 mars 1945, le commissaire est arrêté par les Japonais devenus les maîtres du pays. Séquestration, humiliations, tortures physiques et morales lui font presque perdre le sens de l'humanité. Saigon la Rouge retrace l'histoire d'un homme qui se découvre et se révèle dans la tourmente de la guerre. Acteur désabusé de la fin d'un monde, celui de la « belle colonie », il devient le témoin lucide de la naissance d'une nation.