Dans la droite lignée des années 1536-1538, le Registre du Conseil de Genève de 1539 aborde tous les domaines de la vie quotidienne : économique, religieux, judiciaire, politique et institutionnel. Cependant, en cette année 1539, il y a trois difficultés majeures auxquelles les autorités doivent faire face, qui mettent à mal la suprématie et l'indépendance de Genève : l'affaire de Marin de Montchenu qui a demandé à quelques membres éminents de la ville de se placer sous la tutelle du roi de France, l'annexion du mandement de Thiez par François Ier à la requête des anciens chanoines de Genève résidant alors à Annecy et la tentative par Berne d'imposer un nouveau traité à Genève, au grand désavantage de celle-ci, qui refuse de le sceller. Son rejet entraîne une nouvelle crise partisane au sein de la cité, entre les Articulants soutenant les négociateurs du traité, d'une part, et les adeptes de Calvin, de l'autre. Les difficultés crées par ce traité entre les deux villes ne trouvera une issue qu'en 1544, avec le second Départ de Bâle. La tension vive, renforcée par d'incessants mouvements de troupes alentours et des relations de plus en plus crispées avec les baillis bernois, pousse les autorités genevoises à entreprendre une série d'emprunts bâlois toujours plus importants pour fortifier la ville.