Un présupposé fondamental traverse l'ensemble des sciences contemporaines : la connaissance scientifique doit être neutre sur le plan métaphysique. Autrement dit, elle doit s'abstenir de recourir à des entités invérifiables et utilisées dans des discours relatifs à une forme de transcendance. Ce principe d'« abstinence métaphysique » n'a pas surgi subitement dans les cerveaux des savants. L'auteur montre comment cette idée est apparue en histoire naturelle au XVIIIe siècle.
L'examen de sa naissance éclaire les représentations actuelles de la science. Il permet à la fois de ne plus considérer l'abstinence métaphysique comme un principe éternel et de démonter la mécanique des créationnismes modernes.
En jouant sur l'ignorance de l'histoire de cette idée, les créationnistes actuels présentent l'abstinence métaphysique comme une fermeture à certaines hypothèses - les leurs. Ils relativisent ainsi le principe d'abstinence métaphysique pour donner à leur braconnage intellectuel l'allure d'une pratique autorisée. En montrant comment l'indépendance de l'histoire naturelle vis-à-vis de la théologie a correspondu en fait au succès d'une métaphysique alternative, on en finit aussi bien avec le mythe du combat de la vérité contre l'erreur que de celui du relativisme opportuniste des créationnistes. Le principe d'abstinence métaphysique évacue Dieu des énoncés, tout en autorisant ou bien un certain type de Dieu détaché de la nature, ou bien son inexistence.