Il existe des êtres magiques pouvant accorder un voeu à une jeune fille de leur choix. Cette dernière deviendra alors une « magical girl » et devra combattre les sorcières et les créatures démoniaques qui tourmentent notre monde. C'est ainsi que la vie de Madoka Kaname, une élève de quatrième comme les autres, est sur le point de basculer, alors qu'une Magical Girl tente de l'entraîner dans ce monde fait de drames et de magie.