Foi o primeiro colégio da Companhia de Jesus a ser fundado, em todo o mundo. Esteve, desde 1542, localizado em Coimbra, em edifício situado na Couraça dos Apóstolos, cujo nome advém do facto de ali terem estado instalados os jesuítas.
Inicialmente, destinava-se à formação de clérigos para esta nova ordem religiosa. A partir de 1547, começou a ser construído novo edifício, cedendo a Câmara Municipal de Coimbra e o próprio rei D. João III os terrenos para a sua instalação. A construção foi demorada, por quase dois séculos, tendo sido inaugurado em 1698, a 31 de julho, dia do fundador da Companhia de Jesus, Inácio de Loyola. Algumas obras ainda decorreram no século XVIII.
Notabilizou-se pelos estudos ministrados e pelo seu corpo docente, preparando missionários que foram os apóstolos do oriente e do ocidente.