Semanas depois de os 100 terem chegado à Terra, conseguiram finalmente estabelecer um pouco de ordem num ambiente inicialmente caótico e conviver de forma pacífica com alguns dos terrestres que encontraram. No entanto, novas naves chegam do espaço, abalando o equilíbrio alcançado e ameaçando a vida de todos.
Chegou o momento de os 100 se unirem e lutarem para reaver a liberdade que encontraram na Terra. Caso contrário, arriscar-se-ão a perder tudo e todos os que amam… de novo.