Paru à Amsterdam en 1670, le Traité veut montrer que la liberté de philosopher n'est nuisible ni à la piété ni à la conservation de l'État. Il marque la première intervention publique de Spinoza dans les domaines de la religion et de la politique et occupe une place particulière dans son oeuvre. La violente polémique qui suit la publication en montre l'importance.
À l'âge classique, les Pays-Bas sont l'un des principaux centres de la république des lettres. Dans un pays qui passe alors pour le plus tolérant d'Europe, pourquoi prendre la peine de défendre la liberté de conscience ? Spinoza s'en explique dans une lettre à Oldenburg en 1665 : les préjugés des théologiens, les accusations d'athéisme dont il est l'objet et les menaces sur la liberté de philosopher et de penser, en sont les raisons. La dimension juridique et politique est mise provisoirement en retrait de par les attaques virulentes des religieux.