Lorsque, plus de onze ans après la première édition de L'Origine des espèces, Darwin publie en 1871 La Filiation de l'Homme (The Descent of Man), il s'acquitte d'une obligation de cohérence contractée dès sa première adhésion à l'idée de l'origine commune des espèces vivantes : couronner l'illustration de la grande vérité transformiste en montrant la nécessité d'inscrire généalogiquement l'Homme au sein de la série animale. Au terme d'une assez longue réserve, Darwin, affrontant une nouvelle fois les mythes de la création et l'univers dogmatique des croyances, expose alors une version strictement naturaliste de l'origine de l'Homme et de son devenir. Au-delà, il s'agit pour lui d'expliquer, par la seule dynamique d'avantages sélectionnés et transmis, l'accession de l'Homme à sa position d'éminence évolutive, représentée par l'état de " civilisation ", lequel manifestement contrarie en son sein le mouvement d'élimination des moins aptes impliqué dans la sélection naturelle, pour y substituer des institutions protectrices, une éducation altruiste et une morale de la bienveillance, du secours et de la sympathie.
Une telle explication ne pouvait s'effectuer sans une théorie des instincts. Si la notion du développement sélectionné des instincts sociaux, combinée à celle de l'accroissement des capacités rationnelles, sert à désigner globalement ce à travers quoi l'humanité élabore la civilisation, c'est dans l'analyse fine des instincts procréatifs et parentaux, ainsi que des sentiments affectifs et des comportements qui leur sont associés, que Darwin découvre l'opération d'une autre sélection, détentrice elle aussi d'un grand rôle évolutif : la sélection sexuelle, qui préside dans le monde animal à la rencontre amoureuse, aux rituels et aux choix nuptiaux ainsi qu'à la transmission des caractères sexuels secondaires, et qui complète l'action de la sélection naturelle tout en paraissant parfois lui faire obstacle.
Il ressort de ce livre essentiel que l'anthropologie de Darwin, fruit du strict continuisme évolutif qui l'attache à la zoologie, établit, au lieu d'une recommandation d'élimination que beaucoup ont cru, de ce fait, y être incluse, l'indispensable socle naturaliste d'une généalogie réelle de la morale, et fonde la civilisation sur le renversement progressif et le dépérissement de l'ancienne loi sélective : à travers le développement des instincts sociaux et des capacités rationnelles, la sélection naturelle sélectionne la civilisation, qui s'oppose à la sélection naturelle. Telle est l'inépuisable nouveauté de ce que Patrick Tort nomme, dans sa préface, l'effet réversif de l'évolution.