A ação de O segredo de Leonardo da Vinci decorre em Florença, no ano de 1616.
A corte francesa viaja até Itália para assinar um Tratado de Paz, importante para os reinos europeus.
Richelieu acredita que, para além do Tratado, a paz depende do sucesso de uma invenção secreta do famoso Leonardo da Vinci, também cobiçada por um bandido com máscara de vidro.
Quem se esconde atrás da máscara e quais são as suas verdadeiras intenções? Conseguirão Richelieu, Clarick e os mosqueteiros vencer este inimigo desconhecido?