O Mistério do Infante Santo decorre num período notável da História de Portugal: a expansão marítima portuguesa. Os filhos de D. João I e de D. Filipa de Lencastre, a família de Avis, a cujos infantes Camões deu o epíteto de Ínclita Geração, são os protagonistas de uma história gloriosa mas que esconde intrigas e mistérios. Depois da morte do rei D. João I, o seu sucessor D. Duarte é confrontado com um país de escassos recursos financeiros e com as ambições e as motivações dos seus irmãos e conselheiros nas vésperas de um dos episódios mais sangrentos da História de Portugal: o desastre da Tomada de Tânger, em 1437, que marcou o destino de D. Fernando, o infante mártir.
Quais serão os pecados desta família ilustre? Quem foram os responsáveis pelo martírio de D. Fernando em Fez? Quem, de entre os filhos de D. joão, foi o mais clarividente e o menos racional? Quem personificava o elo da concórdia? Quem destruiu a harmonia?
Uma história que desmistifica os caminhos de uma família considerada perfeita e nos revela as sombras de um império.