Em 1847, na pequena vila de Inhambane, um punhado de famílias esquecidas pela coroa portuguesa luta heroicamente para impor uma nova civilização em território africano.
Acabado de se ordenar em Lisboa, o jovem padre Joaquim Santa Rita Montanha é enviado para Moçambique com a sagrada missão de prestar apoio espiritual aos europeus e evangelizar os indígenas.
O seu sonho de realizar uma obra que fique para a história depara-se com dificuldades que parecem insuperáveis. Mas, apesar de todos os obstáculos, o padre Montanha nunca desiste dos seus objectivos ambiciosos e, em breve, torna-se o pilar desta pequena sociedade branca rodeada por milhares de guerreiros de tribos hostis.
Personagem complexa, o padre Montanha é um fervoroso homem de Deus que goza de invulgar prestígio mas não abdica de uma paixão arrebatada pela escrava Leonor, com quem vive um amor proibido. É, sobretudo, o explorador que não hesita em enfrentar perigos imensos para concretizar uma viagem aos holandeses no interior do sertão e, assim, inaugurar as relações diplomáticas entre o reino de Portugal e os fundadores da futura República Sul-Africana.
Tal como o tenente Montanha, personagem inesquecível do seu anterior romance O Tempo dos Amores Perfeitos, o padre Montanha é antepassado do autor. O Império dos Homens Bons é resultado de uma minuciosa pesquisa sobre a vida deste homem singular e a recriação histórica de uma época de grande romantismo em África. Trata-se de um retrato de época brilhante e de enorme talento.