O Guia dos Perplexos consiste em uma introdução e três partes, cujos temas centrais são os seguintes - Primeira parte - Exposição de idéias esotéricas contida nos Livros dos Profetas; Segunda Parte - Defesa da Teoria da Criação em contraposição à Teoria da Eternidade do Universo de Aristóteles e seus seguidores, os Peripatéticos; caracterização dos conceitos de Profeta e Profecia; Terceira Parte - Exame e refutação do sistema e do método do Kalán (corrente filosófica de orientação islâmica); análise do Maassê Merkavá, ou seja, do texto esotérico denominado Relato de Carruagens Divinas.