O Algarve na época moderna tem um período inicial (século XVI) de relativa pujança, como periferia portuguesa e ao mesmo tempo periferia andaluza. Ligado politicamente a Lisboa, foi também como que uma península do Império espanhol das Índias, economicamente participando nos tratos do empório sevilhano (muitas vezes ilegais). A articulação com o Norte da Europa pelo comércio das frutas, com o Mediterrâneo ocidental pela exportação de atum e com Marrocos (até ao começo do abandono das praças em 1541) davam-lhe uma presença de vulto na economia portuguesa. É um Algarve pujante pelas suas aglomerações urbanas que procura defender-se de vizinhos e adversários por vezes incómodos (Mouros, Ingleses).
Em finais do século XVI essa época brilhante chega ao fim, as cidades decaem da primazia anterior perdendo população. A Inquisição persegue os cristãos novos e aniquila o grupo mercantil. A sociedade como que se cristaliza. Ocorre uma ruralização que se vai prolongar até ao Liberalismo. Embora com tentativas de restauração, como a que o Marquês de Pombal decide com a criação de Vila Real de Santo António (1773) ou um pouco depois com as inovações de D. Francisco Gomes do Avelar (1789-1817).