Dans les années 1920, le libre examen fut confronté à de nouveaux adversaires séculiers dont les doctrines, qui niaient la liberté de l'esprit, se situaient en dehors ou même à l'opposé du champ religieux.
Il lui faudra les années d'entre-deux-guerres et le conflit mondial pour prendre la mesure de ces défis qui déplacèrent les controverses du domaine de l'enseignement et de la science à celui des libertés démocratiques et de la morale. 175 ans après sa fondation, l'Université de Bruxelles, née d'une idée, doit s'interroger sur ses idéaux et ses principes avec les outils de la recherche, en envisageant le problème du libre examen sous un angle théorique et dans une comparaison dans le temps, au XIXe et au XXe siècle.
Cette recherche doit être menée sur trois plans: pourquoi fut fondée l'Université libre en 1834? Comment le concept de libre examen a-t-il évolué depuis son apparition au XVIe siècle jusqu'à son affirmation à l'ULB en 1855? Comment l'ULB est-elle passée d'une attitude intellectuelle axée principalement sur l'anticléricalisme à une conception plus universelle du libre examen?