O enredo de Miyuki-chan é uma curiosa paródia, que utiliza como referência elementos marcantes dos famosos contos de Lewis Carrol para descrever as aventuras de uma jovem estudante chamada Miyuki. Indicada para maiores de 16 anos, a história se passa em diversos "países" espetaculares, habitados apenas por charmosas e atrevidas mulheres que se sentem atraídas por Miyuki e desejam seduzi-la.
Além disso, o mangá conta com um conteúdo especial em 24 páginas coloridas, divididas em Galeria de Imagens e Arte Conceitual da Versão OVA (Original Video Animation). "Miyuki-chan no País das Maravilhas" é uma comédia inusitada, contada num formato divertido.