A l'aune de l'histoire des sciences, le statut de la philosophie naturelle du moyen âge ne laisse pas de dérouter.
Entre les sciences gréco-arabes et la révolution scientifique de l'âge moderne, l'impression d'une période stérile qui, engoncée dans des certitudes dogmatiques d'un autre âge, ne pouvait qu'échouer à produire un résultat scientifique, prédomine. Afin de contrebalancer ce portrait et, dans la lignée de travaux récents, ce collectif cherche, en examinant quelques travaux philosophiques et scientifiques de la fin du moyen âge, à mettre en évidence comment le contexte institutionnel et social du bas-moyen âge a permis que se mettent en place certaines des conditions d'émergence de la révolution scientifique du XVIIe siècle.
L'idée principale était que les réflexions méthodologiques jouent un rôle fondamental dans l'évolution des différentes conceptions du statut des sciences au point que l'évolution des pratiques scientifiques semblent tributaires, dans une large mesure, de ces changements théoriques. Trois lignes principales de recherche apparaissent à travers ces études. La première concerne le gain d'autonomie progressif de chaque science particulière qui constitue peu à peu son propre champ d'enquête de façon autonome, tant au niveau des outils qu'au niveau des méthodes.
La deuxième tient précisément à l'évolution, voire à la réforme, des outils de connaissance. Liée à l'autonomie des sciences, et à une forme de laïcisation du savoir, apparaît le besoin de chercher des outils méthodologiques qui soient conceptuellement neutres. Enfin, dans cette perspective, une place particulière a été faite au statut des mathématiques, à la fois comme science autonome, et comme outils pour la philosophie naturelle.
Ce sont ces différentes lignes d'enquête qu'ont exemplifiées les études, réunies ici, en s'appuyant sur des analyses de cas précis.