Medaka Kurokami ha sido elegida presidenta del consejo estudiantil de la Academia Hakoniwa. Emprendedora como pocas, Medaka propone como novedad en el consejo un buzón de peticiones, ya que se ha propuesto resolver cualquier problema que tengan los estudiantes, sin importar lo complejo que sea. Tiene a su equipo para ello, entre los que se encuentra Zenkichi Hitoyoshi (el típico amigo de la infancia) para llevar adelante su plan. Entre idas de olla, situaciones cómicas y cachondas, Medaka es sin lugar a dudas la más popular del Hakoniwa, y todos se sorprenden por la forma en que consigue sus cometidos. Las cosas toman un tinte más oscuro cuando se descubre la existencia del Flask Plan, un experimento de la Academia Hakoniwa para producir en masa el efecto anormal que otorga habilidades especiales, tales como las descubiertas en algunos estudiantes que las llevan de nacimiento.