Des milliers de personnes peuplent le Vaisseau-monde. Son gardien, le Grand Prêtre les a clonés. Mais la dissidence gronde au coeur de cet univers : les "Procréateurs" réclament le droit à enfanter sans l'intermédiaire du Vaisseau-monde. Partout, dans les deux hémisphères du vaisseau, d'étranges phénomènes se produisent. La mutation est en train de s'accomplir, et le régulateur Silenzio3 en sera le déclencheur.
Stéphane Douay (dessinateur de "Don Quichotte dans la Manche" chez Vents d'Ouest) fait muter son dessin pour accompagner l'histoire de Hugues Fléchard. Plus dynamique, le récit se lit sur plusieurs niveaux : la quête d'une troupe de rebelles qui va bouleverser le système établi ; l'aventure métaphysique pour accéder à l'humanité.
À l'instar de "2001, L'Odyssée de l'espace", "Matière Fantôme : Bêta" est beaucoup plus que de la science-fiction...