De 1562 à 1563, pendant plusieurs mois, le consulat - la municipalité de l'époque - est aux mains des protestants. Cette période, bien que courte, laissera des traces dans la topographie urbaine de Lyon jusqu'à nos jours. Le reflux réformé est ensuite rapide et Lyon devient bientôt un des bastions de la Ligue catholique. Il n'empêche que, pendant un moment, la France protestante regarde vers Lyon : elle y tiendra même en 1563 le 4ème synode national des églises réformées sous l'autorité du pasteur Viret, en charge de la communauté lyonnaise depuis 1562.
La ville est aussi le second centre d'imprimerie du royaume et un foyer humaniste considérable, au point que l'on a pu parler d'elle comme d'« une capitale intellectuelle du royaume ». C'est dire l'importance de cette période.
Selon les lieux, l'échec ou la réussite de la Réforme, a été interprété de multiples façons. Les auteurs de ce livre ne proposent pas d'interprétation inédite. Ils cherchent simplement à éclairer par leurs contributions les questions religieuses dans le Lyon du XVIe siècle, espérant que cela permettra de comprendre mieux cette période particulièrement importante pour l'histoire de la ville.