Les peuples néophytes de l'Amérique n'étaient pas soumis à l'Inquisition et l'action répressive de l'Église engendra, au Pérou, une institution originale à bien des égards calquée sur l'Inquisition d'Espagne: l'" Extirpation de l'idolâtrie ", selon l'expression employée à l'époque.
C'est cette " Extirpation " qui est au centre de l'étude de Pierre Duviols, avec ses prohibitions religieuses et culturelles, ses procès, ses prisons, ses moyens de prévention, mais aussi avec son appareil de réfutation des fondements idéologiques des cultes autochtones - du moins tels que les comprenaient les auteurs de sermons en langues quechua et aymara. Pendant les cent trente premières années qui suivirent la conquête du Pérou, l'Église fit preuve d'une activité intense en matière d'évangélisation et de lutte contre les religions autochtones, qui détermina largement la configuration que présenteraient, dans les siècles suivants, les pratiques et les représentations religieuses dans les Andes