Fer de lance de la société civile, les ONG sont progressivement devenues les interlocutrices obligées des États et des institutions internationales dans le domaine de la protection des droits de l'homme.
En tant que " boîtes à idées nouvelles ", elles participent à l'enrichissement et au renforcement des standards et mécanismes internationaux de garantie. Leur pouvoir d'inspiration ou/et d'influence se révèle souvent décisif. Les conditions d'adoption de la Convention de Rome instituant la Cour pénale internationale en constituent une illustration éclatante. Bien que moins médiatisée, la neutralisation de la récente réforme du régime de recevabilité des requêtes individuelles devant la Cour européenne des droits de l'homme est, elle aussi, un exemple instructif.
Par nature, les ONG sont portées à privilégier une fonction de dénonciation des violations des droits de l'homme, Cependant, leur action demeure largement tribunitienne dès lors que les voies de saisine des instances internationales de contrôle du respect des droits de l'homme ne leur sont que très inégalement accessibles. En particulier, elles ne disposent d'aucun véritable locus standi judiciaire les habilitant à introduire des recours assimilables à un droit d'actio popularis ou comparables à une class action.
La mission d'assistance juridique que les ONG sont en mesure d'assurer, directement ou indirectement, au profit des victimes leur permet néanmoins non seulement d'inspirer le développement progressif du droit international des droits de l'homme, mais également de favoriser, de manière plus générale, le décloisonnement du droit international. Les ONG de défense des droits de l'homme ont souvent été critiquées à raison d'un comportement par trop politique et pas assez juridique.
Parallèlement il leur a été reproché de participer, plus ou moins perfidement, à une instrumentalisation des États, des organisations internationales, et même le cas échéant d'instances internationales de contrôle. Pour l'anecdote, il suffira de rappeler la contribution intellectuelle et matérielle que plusieurs ONG ont, à une certaine époque, apportée au fonctionnement de la Commission africaine des droits de l'homme et des peuples.
L'origine essentiellement anglo-saxonne des ONG a, de son côté, été perçue comme parachevant une mise sous tutelle linguistique et culturelle du droit international des droits de l'homme. En dépit de toutes les préventions qu'elle suscite, l'action des ONG reste malgré tout fort précieuse et sans doute même irremplaçable. C'est donc, logiquement, par un juste retour des choses que le droit international des droits de l'homme a progressivement doté les ONG d'un statut protecteur.