La Société des Missions Étrangères naît au XVIIe siècle, quand se développe en France le désir de prendre une part active à l'apostolat missionnaire.
Cet enthousiasme pour les missions correspond au besoin d'établir un clergé indigène, seul capable d'assurer la survie des communautés chrétiennes d'Asie. Le Saint-Siège nomme en 1658 trois vicaires apostoliques français : François Pattu (1626-1684) vicaire apostolique du Tonkin, Pierre Lambert de la Motte (1624-1679) vicaire apostolique de Cochinchine et Ignace Cotolendi (163o-1662) vicaire apostolique de Nankin.
Ces évêques sont considérés comme les fondateurs de la Société des Missions Étrangères. Les vicaires apostoliques et les missionnaires qui les accompagnent parviennent au Siam en 1662 ; en 1664, le P. Chevreuil arrive en Cochinchine et, en 1666, le P. Deydier est le premier à entrer au Tonkin. D'autres missionnaires suivent, si bien qu'à la fin du XVIIe siècle, 21 missionnaires ont déjà pénétré soit au Tonkin soit en Cochinchine.
Au cours du XVIIIe siècle, la Société des M. -E. est victime en Europe d'une certaine décadence religieuse et d'un désintérêt pour les missions. Le XIXe siècle est au contraire un grand siècle missionnaire. La Société des M. E. compte, en 1886, 29 évêques, 751 missionnaires, avec la charge de 25 missions. Après le Siam, le Tonkin, la Cochinchine, et quelques régions de la Chine et de l'Inde, elle reçoit encore la charge d'évangéliser la Corée et le Japon (1831), la Mandchourie (1838), la Malaisie (1841), le Tibet et l'Assam (1846), la Birmanie (1855).
Le XXe siècle est marqué par le développement du clergé local. La direction des diocèses d'Asie passe peu à peu aux évêques autochtones : un évêque indien (1923), six évêques chinois (1926), un évêque japonais (1927), le premier évêque vietnamien (1933). Le communisme change la présence et l'action des Missions Étrangères. Les missionnaires sont expulsés de certains pays (Chine, Birmanie, Vietnam, Cambodge, Laos).
Contrainte de redistribuer son personnel, la Société des M. -E. envoie maintenant ses prêtres vers Madagascar, l'île Maurice, l'Indonésie, la Nouvelle-Calédonie. La crise des vocations touche aussi la Société des M. -E. mais, fidèle à sa vocation et malgré un effectif réduit, elle continue, aujourd'hui comme hier, de servir les Églises qu'elle a contribué à fonder.