Cinquante ans après la mort du pharaon Aménophis IV, plus connu sous le nom d'Akhénaton, un normalisateur, Parêhotep, est chargé par le pharaon régnant Séthi Ier de liquider l'hérésie amarnienne, qui avait imposé le culte exclusif du disque solaire, en en faisant disparaître les vestiges.
Dans les ruines de la cité abandonnée d'Amarna, au bord du Nil, le chargé de mission exhume des rouleaux de papyrus échappés à la restauration culturelle des prêtres d'Amon, qui ont repris le pouvoir religieux à Thèbes. Ces rouleaux renferment la correspondance privée entre Akhénaton et son épouse, la reine Néfertiti : on y voit le jeune pharaon y développer sa vision théologique révolutionnaire et la reine s'inquiéter des conflits que celle-ci ne manquera pas de provoquer.
Puis ce sont les mémoires plus tardifs de la reine qui sont révélés, où Néfertiti décrit sa vie à Amarna avec son époux, sa jalousie et la guerre d'influence sans pitié qui fait rage à la cour. Avec une grande précision historique, l'égyptologue Pascal Vernus fait revivre sous un jour intime et passionné le couple mythique de l'Egypte ancienne. Loin de l'image idéalisée et inaccessible de Néfertiti, Le Papyrus secret raconte l'histoire d'une femme voluptueuse et vulnérable, dépassée par la folie géniale de son roi.