Sur un fond de légendes du passé et d´intégrisme sectaire, Le mystère de la Vierge noire s´avère une aventure sordide qui multiplie les rebondissements et les coups de théâtre jusqu´à la toute fin.
Dans la petite municipalité de Sainte-Marie, la tombe d´une adolescente morte en donnant naissance à un enfant difforme a été profanée - le corps de la jeune fille a été affreusement mutilé par les malfaiteurs. À Saint-Gabriel, c´est le cercueil d´une très vieille femme qu´on a sorti de terre. Quand les enquêteurs arrivent sur place, ils constatent que la dépouille a été décapitée, mais que l´énorme émeraude avec laquelle elle a été inhumée n´a pas été dérobée.
Nathan et Vincent, deux brillants enquêteurs à la Sûreté du Québec, sont chargés d´élucider le mystère. L´enquête, déjà complexe en soi, se complique davantage lorsqu´une jeune Beauceronne annonce avoir reçu la visite de la sainte Vierge...
Se pourrait-il que le visage lumineux de la mère de Dieu possède aussi un côté ténébreux?