En 1885, le philosophe Adrien Sixte reçoit la visite d'un jeune homme de vingt ans, Robert Greslou, qui lui a soumis un manuscrit d'une impressionnante qualité.
Puis Robert Greslou part en Auvergne occuper un poste de précepteur chez le marquis de Jussat-Randon. Deux ans plus tard, la fille du marquis meurt empoisonnée. Greslou est accusé du meurtre et Sixte est convoqué chez le juge qui se demande dans quelle mesure l'influence du philosophe a pu détruire le sens moral de son disciple. Roman d'analyse et d'éducation, mais aussi roman à thèse puisque Bourget y dénonce la responsabilité du maître à penser et s'en prend à la science moderne qui s'est substituée à la religion sans fournir de morale, Le Disciple, publié en 1889, est un livre " qui a compté dans l'histoire de la littérature, dans l'histoire des idées, et dans l'histoire tout court ".