L'accession du général de Gaulle à la présidence de la République en 1958 officialisa la remise des pouvoirs civils et militaires aux mains du Haut Commandement en Algérie.
La conduite des opérations devant mener à la pacification du pays en fut radicalement changée. On appliqua à cette guerre, surtout guerre de guérillas appuyées sur la complicité volontaire ou forcée de la population, des méthodes nouvelles. Elles visaient, en relation avec des opérations militaires classiques, à couper les militants du FLN (Front de Libération Nationale) des habitants dûment contrôlés, regroupés, psychologiquement impressionnés et récupérés.
Elles étaient pour certains inspirées de la lecture des théoriciens de la guerre révolutionnaire. L'adversaire ne devait plus être comme " le poisson dans l'eau " évoqué en son temps par Mao Tsé Toung. Plus tard grandement controversées, elles donnèrent à la guerre d'Algérie son visage particulier.