La préfecture du Jura s'installe en 1800 dans un lieu chargé d'histoire : tout commence, voici 1600 ans, avec l'inhumation d'un saint homme, Désiré († vers 413-415), patron de Lons-le-Saunier et évêque de Besançon. La fondation au XIe siècle d'un prieuré bénédictin donne au site l'emprise foncière qu'il garde encore de nos jours.
Par la suite, ce lieu subira de nombreuses vicissitudes qui permettent de croiser tant les querelles entre seigneurs locaux que les évènements marquants de l'histoire franc-comtoise. Après les troubles de la période révolutionnaire, son affectation comme siège de l'administration préfectorale redonnera une nouvelle légitimité à ce secteur de la ville et initiera son développement.
Le lecteur est invité à parcourir cette histoire puis à découvrir les riches décors du bâtiment tel qu'il est aujourd'hui.