L'expansion du système universitaire au cours des vingt dernières années a permis à ses équipes de prendre une place très importante dans la recherche publique.
La Cour constate cependant que l'adaptation à ce nouveau contexte du cadre institutionnel et des règles de gestion de la recherche dans les universités n'est pas aboutie. Au niveau central, l'analyse des dispositifs d'évaluation et des modalités de financement montre que, si les évolutions engagées sont cohérentes avec celles qui sont constatées dans la plupart des pays développés, beaucoup d'efforts devront encore être entrepris par tous les partenaires pour parvenir à un équilibre satisfaisant.
Les universités, quant à elles, ne disposent ni de l'organisation ni des outils de gestion leur permettant d'assurer avec une pleine efficacité leur mission de recherche, qu'il s'agisse de la formation des futurs chercheurs ou de la mise en oeuvre d'un environnement favorable aux activités des unités de recherche. Analysant enfin le fonctionnement des laboratoires, le rapport souligne la profonde diversité des situations, et relève l'inadaptation des structures et des modes de gestion.
Le rapport énonce des recommandations concrètes pour chacun de ces trois niveaux dont le bon fonctionnement est indispensable à l'essor de la recherche.