Au tournant du 18e et du 19e siècles, notamment en France, quelque chose comme une biologie du cerveau commence véritablement à se constituer; et s'impose alors avec une évidence nouvelle l'idée que le cerveau est l'organe de la pensée. Auguste Comte est l'un des premiers philosophes à prendre acte de cet avènement, et à intégrer dans son système, sur la base des théories phrénologiques de Gall, une théorie physiologique des fonctions intellectuelles et affectives. La « physiologie cérébrale », dont l'évaluation épistémologique fait l'objet d'une leçon spéciale du "Cours de philosophie positive", est un élément essentiel de cette philosophie politique de l'esprit, par laquelle on peut caractériser le positivisme comtien: Comte ne se désignait-il pas lui-même comme le successeur de Gall autant que celui de Condorcet, marquant ainsi la solidarité entre la nouvelle philosophie de l'esprit et la refonte de la politique? L'objet de ce livre est en premier lieu d'explorer ce chapitre de l'histoire des sciences et de l'histoire de la sociologie naissante, en montrant comment la physiologie cérébrale est progressivement intégrée dans la philosophie positive, puis modifiée par cette intégration en fonction des objectif théoriques et politiques poursuivis par Auguste Comte. Mais au-delà, il y a aussi dans le positivisme comtien, autour de la thématique du cerveau, une reformulation de problèmes philosophiques classiques: la biologie des fonctions cérébrales est partie prenante d'une enquête portant sur les conditions de l'unité humaine, sur la subjectivité, et sur la constitution du moi en rapport avec la collectivité. Enfin, de façon décisive, Comte poursuit une interrogation encore actuelle sur la philosophie de la connaissance - touchant notamment la possibilité de concilier une authentique philosophie de l'esprit avec une approche neurophysiologique non réductionniste. De telles réflexions inscrivent de plein droit la philosophie positive dans l'histoire de la philosophie.