L'ombra sobre Innsmouth forma part dels Mites de Cthulhu, la idea central dels quals és que, milions d'anys abans d'iniciar-se el cicle biològic a què pertanyem, la Terra era habitada per uns éssers que, tot i no ser estrictament espirituals, tampoc no eren materials en el sentir un xic estret que acostumem a donar a aquesta paraula. Aquesta raça, a conseqüència de les pràctiques de màgia negra, va perdre el seu domini i va ser expulsada de la Terra, però viu en algun lloc exterior disposada en tot moment a reconquerir-la.áEl personatge central, en el millor estil lovecraftià, fa un viatge de turisme a la recerca d'antiguitats a la mítica ciutat d'Arkham, però ocasionalment s'atura en un ruïnós i abandonat poble mariner. En aquest poble viuen els descendents del capità Obed Marsh, que segons la llegenda popular va tenir contactes amb certes «bèsties» dels Mars del Sud. Des d'aleshores, a causa de la mescla de sangs, segons sembla, els habitants d'Innsmouth han sofert extraordinàries metamorfosis: han adquirit una forma inhumana, meitat peixos meitat batracis, que els fa repugnants. A mesura que el narrador va descobrint la identitat dels misteriós capità Marsh se li fa cada cop més evident...