Grâce à la découverte d'une série de chroniques inédites et d'une multitude de manuscrits, Paul Delsalle reconstitue, presque au jour le jour, un événement dramatique et très méconnu de l'histoire comtoise. Henri IV a-t-il voulu conquérir la province ? Les témoignages sont contradictoires. En tout cas, le roi de France a violé la neutralité de la Franche-Comté, sans vergogne. Son armée a envahi et ravagé le pays en 1595, rançonné les populations, détruit des dizaines de villages et plusieurs villes. Toutefois, l'armée de Philippe II venue du Milanais (et qui était plus « napolitaine » ou « italienne » que « castillane » ou « espagnole »), s'est aussi mal comportée vis-à-vis des Comtois. Les quatre saisons de l'année 1595 furent horribles et sanglantes. Qui se souvient des pendaisons de Marnay, des sièges d'Arbois ou de Vesoul, des combats d'Apremont, de la résistance héroïque de Salins, du massacre de Mouthe ou des destructions d'Arlay et Château-Chalon ? Comme le dit Pierre Matthieu de Pesmes : la Franche-Comté « en moins d'un an fut étrangement affligée, des amis et des ennemis ». Le dépouillement minutieux des archives, et notamment des lettres d'un espion italien, démontre que l'armée dirigée par Velasco, connétable de Castille, n'a pas été écrasée par celle d'Henri IV mais a été décimée par une épidémie (probablement une dysenterie) et a subi de nombreuses désertions. Paralysée, elle ne pouvait plus agir contre les troupes du roi de Navarre. À la veille de l'invasion de la Franche-Comté, les Comtois n'étaient pas prêts à se défendre contre l'ennemi français. L'enquête méticuleuse menée par Paul Delsalle révèle surtout l'ampleur des compromissions et des trahisons : des nobles et des marchands comtois « tenaient le parti du Béarnais » et ont facilité l'invasion française.