En l'an 28 de notre ère, Yeshuâ, fils de Yôsef et de Myriam, exerce le métier de charpentier dans le village de Nazareth. Ce soir-là, il s'endort dans l'atelier où il couche d'ordinaire. Au bout de quelque temps, il est réveillé par le contact d'une lame qui commence à lui entailler le front, à l'endroit où sa peau porte d'étranges cicatrices dont il ignore l'origine. Il ouvre les yeux et voit une forme voilée qui s'enfuit vers la maison familiale. Le père de Yeshuâ semble reconnaître l'assaillant mais il n'a pas le temps d'exprimer sa surprise : le spectre lui a plongé sa lame dans la poitrine et Yôsef rend le dernier soupir dans les bras de son fils.
La même nuit à Sepphoris, grande ville située non loin de Nazareth, Imânouel, fils d'un riche Pharisien, regagne en titubant la demeure de son père après avoir fait la tournée des tavernes. Il sombre dans un lourd sommeil dont il n'émerge que sous l'effet du coup que vient de lui porter un individu dissimulé par un voile épais. L'agresseur l'a frappé au front avec une pierre, là où sa peau porte d'étranges cicatrices dont il ignore l'origine.
Pour les deux jeunes gens, cette nuit marque le début d'une aventure hors du commun, qui va réunir leurs destins d'incroyable façon, éclaircir le mystère de leurs cicatrices et révéler le sens de leur vie.
Partant du constat que Jésus (Yeshuâ) est sans doute l'inconnu le plus célèbre de l'Histoire, Jean-Marie Villemot revisite les Evangiles à la lumière de son imagination et propose des réponses à une énigme non résolue : Jésus n'a eu que deux ans de vie publique et l'on ignore presque tout des années « privées ».
Etonnant mélange de récit au ton biblique et de roman d'aventures ponctué de meurtres, complots et trahisons, L'Evangile obscur pose aussi de manière poétique et ironique la question de la naissance et de la destinée. L'une des plus vieilles questions du polar.