« La chimie marche vers son but et vers sa perfection en divisant, subdivisant et re-subdivisant encore, et nous ignorons quel sera le terme de ses succès » Lavoisier
Ce rêve de Lavoisier préfigure la mise en évidence des lois régissant la réaction chimique. Mais, avec l'hypothèse atomique formulée en 1808 par John Dalton, c'est une longue série de controverses qui va commencer ; il faudra attendre 1912 pour que Jean Perrin puisse écrire : « Enfin la théorie atomique a triomphé. »
On verra comment ces débats souvent violents contribueront à la construction de notre actuelle chimie. Composante essentielle de la Révolution industrielle, la chimie connaîtra en effet un essor sans précédent;et ;de nombreux éléments ou composés nouveaux seront alors découverts.
S'élargissant à de tout nouveaux domaines comme la chimie organique et les prémices de la chimie du vivant, la chimie débouchera aussi sur des applications déterminantes comme le blanchiment par le chlore, la préparation de l'eau de Javel ou de la soude, la fabrication à grande échelle de l'acide sulfurique, la distillation du bois ou de la houille, la chimie des colorants artificiels ou encore la naissance de l'industrie pharmaceutique.
L'idée d'individualités ultimes d'une matière discontinue s'imposera, certes, comme une nécessité mais cet atome, on ne le « voit » pas ! N'est-il qu'un moyen commode de représentation ou bien reflète-t-il la réalité ? Les conceptions diverses qui vont s'exprimer tout au long du xixe siècle traduisent la complexité des phénomènes chimiques, toujours plus nombreux et plus divers.
Ces débats nous placent au coeur même du développement de la chimie, une science qui nous révèle le caractère passionnant d'un incessant combat : celui de l'homme et de la matière.