Pour évangéliser les païens de l'ancien Congo belge, Mgr De Clercq élabore un programme missionnaire basé sur la connaissance de l'homme, l'analyse du contexte historique de son évolution sociale et la proposition des voies de sortie de la crise religieuse et morale. La réflexion sur les facteurs contextuels et culturels qui gênent tant l'acte de foi que l'agir moral des fidèles le conduit à prôner une théologie de la conversion qui s'appuie sur la grâce baptismale, la charité divine et le mystère de la Passion et de la Mort de Jésus-Christ. A travers l'école et la presse de la mission qui servent de chantier à ses stratégies pastorales, Mgr De Clercq finit par capter l'aspiration fondamentale de ses fidèles : aller au-delà de la théorie de l'adaptation afin de régénérer tout l'avoir humain traditionnel par le baptême. Il jette, ce faisant, les bases de la théologie africaine de l'inculturation dans laquelle la culture régénérée peut servir validement à tout projet de la société ou de l'Eglise.