En 1542, les conquistadors Gonzalo Pizarro et Francisco de Orellana tentent de trouver une nouvelle route vers l'Inde, au-delà de la gigantesque barrière des Andes. Ils échouent, mais rencontrent de farouches guerrières, les Amazones, et découvrent un fleuve immense, qu'ils baptisent « Amazone ». En quête d'un mythique Eldorado, les aventuriers sillonnent désormais le fleuve et la forêt amazonienne. À partir du XVIIIe siècle, naturalistes et géographes y réalisent de grands voyages scientifiques et entrent en contact pacifique avec les Indiens. Après la grande exploitation du caoutchouc au tournant du XXe siècle, qui décime les populations indiennes, la déforestation, la pollution et le pillage des ressources naturelles mettent aujourd'hui en péril leurs cultures traditionnelles, en symbiose avec le plus vaste écosystème forestier du monde.
Tout en retraçant les étapes de la découverte et de l'exploration de l'Amazonie, Alain Gheerbrant, explorateur et écrivain, lance un cri d'alarme devant le danger qui menace le patrimoine de l'humanité tout entière.